Sebelum rencana perpindahan ibu kota ke Kalimantan Timur, Jakarta telah lama berkedudukan sebagai ibu kota Republik Indonesia bahkan sejak zaman pemerintahan kolonial. Namun dalam sejarahnya, perpindahan ibu kota dari Jakarta ini bukan yang pertama kali terjadi.
Dengan sejumlah alasan, status Jakarta sebagai ibu kota Indonesia sempat tercabut dan tergantikan dengan daerah lain, walau hanya untuk sementara. Salah satunya, Pada 4 Januari 1946 silam. Tepat 76 tahun yang lalu, ibu kota RI untuk sementara waktu resmi berpindah dari Jakarta ke Yogyakarta.
Perpindahan ibu kota ini terjadi karena Belanda kembali berusaha menguasai Indonesia dengan membonceng tentara Sekutu setelah mereka berhasil mengalahkan Jepang dalam Perang Dunia Kedua.
Hanya beberapa pekan setelah Indonesia merdeka, Belanda melancarkan serangan demi serangan untuk menguasai Indonesia. Tentara Belanda bahkan berhasil memasuki Jakarta pada 29 September 1945.
Walau petinggi pemerintahan RI yang dipimpin Soekarno dan Mohammad Hatta kala itu sudah berupaya mempertahankan ibu kota, situasi yang kian genting memanas dan membuat Jakarta tidak lagi aman.
Pada sisi lain, keberhasilan Belanda menduduki Jakarta juga membuat eksistensi pemerintah Indonesia di mata dunia internasional menjadi lemah.
Atas pertimbangan tersebut, Sri Sultan Hamengku Buwono IX dan Pakualam VIII pada 2 Januari 1946 kemudian mengirim kurir ke Jakarta untuk menyampaikan pesan. Kepada Soekarno, Ia menyarankan agar ibu kota pindah ke Yogyakarta untuk sementara waktu.
Tawaran itu pun langsung direspons oleh Sukarno dengan menerima saran Sultan Hamengku Buwono. Rencana pun disusun dengan cermat mengingat Jakarta sangat tidak aman karena kehadiran tentara Belanda.
Pada 3 Januari 1946 jelang tengah malam, sebuah gerbong kereta yang ditarik dengan lokomotif uap tiba di kediaman Bung Karno di Jalan Pegangsaan Timur, Menteng, Jakarta Pusat. Lampu kereta itu bahkan dimatikan untuk tidak memancing kecurigaan tentara Belanda.
Keesokan harinya, rombongan gerbong kereta rahasia itu tiba dengan selamat di Yogyakarta Pada 4 Januari 1946. Kedatangan Soekarno dan pejabat lainnya pun disambut oleh Sultan HB IX, Paku Alam VIII, dan Jenderal Soedirman.
Sejak hari kedatangan itu, ibu kota RI secara resmi berada di Yogyakarta. Sementara, kendali keamanan di Jakarta diserahkan kepada Letnan Kolonel Daan Jahja yang juga Gubernur Militer Kota Jakarta.
Seluruh biaya operasional pemerintahan dan para pejabat RI selama berada di Yogyakarta bahkan ditanggung oleh Kraton Yogyakarta dengan bantuan Kadipaten Pakualaman. Hal ini dilakukan mengingat kondisi keuangan negara kala itu sedang buruk.