Satu masalah adalah bahwa mesin tidak sepenuhnya bebas karbon dan oleh karena itu tidak dapat digolongkan sebagai nol emisi.
Meskipun produk sampingan dari pembakaran hidrogen dan oksigen adalah air, sejumlah kecil logam mesin juga terbakar, menghasilkan sekitar 2% emisi mesin bensin. Knalpot juga mengandung jejak nitrogen oksida.
Ada biaya karbon untuk membangun baterai mobil listrik, tetapi EV tidak mencemari saat dioperasikan.
Mobil hidrogen juga membutuhkan tangki bertekanan besar untuk bahan bakarnya. Sebagian besar kursi belakang dan bagasi mobil hidrogen Toyota diisi oleh tangki bahan bakar yang menghalangi jendela belakang.
Masalah keselamatan berarti para insinyur Toyota harus mengisi bahan bakar kendaraan jauh dari lubang tempat tim lain mengerjakan mobil mereka.
Kekhawatiran tersebut juga telah memperlambat pembangunan stasiun pengisian bahan bakar hidrogen di Jepang, meskipun pemerintah Jepang mendukung bahan bakar tersebut, yang dilihatnya sebagai komponen kunci dalam campuran energi netral karbon di masa depan negara itu.
Pada akhir Agustus, ada 154 stasiun hidrogen di Jepang, kurang enam dari yang diinginkan pemerintah pada akhir Maret.
"Hidrogen telah lama dikenal sebagai bahan bakar transportasi rendah karbon yang potensial, tetapi membuatnya dalam campuran bahan bakar transportasi sulit," kata Badan Energi Internasional (IEA) dalam laporan kemajuan bulan ini.
