Sejak ditunjuk sebagai salah satu lembaga yang menangani wabah Covid-19, Universitas Airlangga, di Surabaya, membentuk Tim Satgas Pencegahan Korona.
Tim yang menaungi para peneliti itu telah melakukan berbagai upaya dengan cepat dan responsif dengan sejumlah aktivitas, di antaranya penelitian, tes laboratorium, dan pelayanan kesehatan.
Baru-baru ini bagian dari tim yang bertugas untuk mengidentifikasi virus, yang dikomandani oleh Kepala Lembaga Penyakit Tropis Unair, Maria Lucia Inge Lusida, telah berhasil melakukan whole genome squencing terhadap 20 sampel virus korona SARS-Cov-Z.
Pengurutan keseluruhan genom atau Whole Genome Sequencing (WGS) adalah proses menentukan urutan DNA lengkap dari suatu ge nom organisme pada satu waktu. Proses ini mencakup pengurutan semua kromosom organisme serta DNA yang terkandung dalam mitokondria dan juga untuk tanaman, dalam kloroplas.
Untuk mengetahui lebih lanjut soal penelitian ini, Koran Jakarta mewawancarai Ketua Lembaga Penyakit Tropis Unair, Maria Lucia Inge Lusida, terkait temuan tersebut, dan peran Whole Genome Sequencing dalam penemuan vaksin, berikut petikannya:
Sejak kapan penelitian WGS ini dilakukan?
Minggu lalu, kawan-kawan di Eijkman (Lembaga Biologi dan Molekular Eijkman) telah mendapatkan tiga sampel whole genome, dan kemarin kita berhasil mendapatkan enam whole genome dari 20 sampel yang diambil pada bulan Maret dan April. Ada 20 sampel yang diambil dari pasien di Jawa Timur.
Bisa dijelaskan soal temuan ini?
Dari sampel yang positif, kita analisa whole genome-nya. Whole genome dari virus Covid-19 ini panjangnya hampir 30 ribu basa. Kalau kita pakai mesin sequencer yang biasa, hanya bisa 600, jadi harus mengulangnya sampai 500 kali. Tapi kita punya mesin next generation sequencer yang bisa memetakan seluruh gen dari virus ini. Dari 20 sample ini, yang hampir komplit ada enam. Sementara sudah 99,6 persen, sehingga nanti kalau sudah 100 persen, sekitar beberapa hari lagi kita akan deposit di data bank (bank data WGS dunia).
Apa gunanya WGS?
WGS telah banyak digunakan sebagai alat penelitian. Seluruh data urutan genom dapat menjadi alat penting untuk memandu terapeutik. Dengan pemetaan WGS ini dapat membuka jalan untuk membantu penemuan vaksin dan kit deteksi.
Apa kekhususan dari temuan ini?
Kita namai temuan ini East Java, karena sampelnya diambil dari pasien di Jawa Timur. Dari enam, ini yang sudah cukup bagus untuk kita analisa, kita mendapatkan empat di antaranya dengan kode East_Java_Cs853SpPuri_CoV2_2020-03-25 mirip ke arah dengan WGS virus yang ada di Wuhan, China Branches, yang berasal dari kelelawar. Sedangkan temuan WGS yang dua, kode East_Java_Cs3590NTs_ CoV2_2020_04_14, lebih dekat dengan yang ada di Eropa.
Artinya apakah virus itu bermutasi?
Ya, bermutasi. Asalnya dari WGS first sequence, Wuhan-Hu-1_CoV2_ MN908947, dari kelewar terus pindah ke manusia dan bermutasi. Virus RNA memang mudah bermutasi, dari orang satu ke orang berikutnya. Yang di Tiongkok membentuk klaster tersendiri karena gennya berdekatan. Lalu, yang di Eropa membentuk kesamaan sendiri, sehingga dari sini kita bisa melacak jalannya transmisi (penyebaran).
Langkah selanjutnya?
Kita bersama dengan peneliti dari seluruh dunia akan deposit hasil ini (ke bank data) agar bisa dianalisa Covid-19 yang ada di Indonesia ini seperti apa. Seberapa jauh, seberapa dekat dengan kelompok WGS yang mana. Lalu juga dapat digunakan untuk pengembangan vaksin dan alat diagnostik. Kita juga terus mencari sampel-sampel lain dari kawasan timur seperti Makasar, Bali, dan seterusnya, sehingga kita punya WGS yang lebih sempurna, untuk menggambarkan sebenarnya penyebaran di Indonesia seperti apa.
Apa yang sangat dibutuhkan saat ini untuk mendeteksi seberapa luas penyebaran?
Teknik PCR bisa mendeteksi virus SARS-CoV-2 secara lebih dini dan sensitif, sehingga kita bisa lebih cepat dalam mengambil keputusan dan langkah penanganan apa yang akan dilakukan. Maka reagen menjadi bahan penting untuk bisa memberikan konfirmasi deteksi virus korona jenis SARS-CoV-2 dengan metode PCR dari pengambilan spesimen seseorang yang diambil dari tes swab. selocahyo/AR-3